常熟卫生职业技术学校设有临床医学院（全科医学院）、口腔医学院、医学技术学院、护理学院、公共卫生与健康管理学院、药学院、公共基础学院、基础医学院、马克思主义学院等9个学院，以及安徽省全科医学培训中心、江苏省卫生职工培训中心、江苏省遗传医学中心等多个教育培训与科研机构。设置“医、药、护、技、管”五大类专业20个，现实际招生专业16个，有中国特色高水平专业群1个，国家级骨干专业4个，省级特色专业11个。建有国家级智慧医学虚拟仿真实训基地（培育）1个、国家级校企共建生产性实训基地2个、中央财政支持建设实训基地2个、省级示范实训中心7个。有直属附属医院1所、非直属附属医院4所、教学医院3所。